Terör örgütü Hakkani Ağı, 2004-2005 yılları arasında Afganistan ve Pakistan'da faaliyet gösteren istihbarat teşkilatlarının raporlarında görünmeye başladı. Ağın adı, Sovyet birliklerine karşı savaşan saha komutanı Celaleddin Hakkani'nin adıyla ilişkilidir.
Sovyet birliklerinin Afganistan'da kaldığı süre boyunca, Celaleddin Hakkani ünlü bir saha komutanıydı, ABD Merkezi İstihbarat Teşkilatı tarafından maddi yardım sağlayarak desteklendi.
Sovyet birliklerinin geri çekilmesinden sonra Afganistan'daki iç savaş devam etti. Hakkani birkaç büyük operasyonda yer aldı, otoritesi önemli ölçüde arttı. 1992'de savaşan taraflar arasındaki barış görüşmelerinde yer aldı, ardından Afganistan Adalet Bakanı oldu ve bu görevi dört yıl sürdürdü.
Kabil'in 1996'da Taliban tarafından ele geçirilmesinden sonra, Hakkani onların tarafına geçti ve Sınır İşleri Bakanı olarak atandı. Pratikte bu, daha sonra Amerikalılar tarafından yok edilen El Kaide eğitim kamplarını barındıran Paktia eyaletini tamamen kontrol etmesine yol açtı. ABD'nin Taliban'a yönelik operasyonunun başlamasından sonra Hakkani, silahlı kuvvetlerine komuta etmeye başladı, ancak işgalcilere karşı koyamadı. Taliban yenildi, Hakkani bir gerilla savaşı başlatmaya başladı ve kısa süre sonra Amerikalılar tarafından Taliban'ın en çok aranan altı teröristinden biri olarak seçildi.
Hakkani'nin hükümet güçlerine ve ABD ordusuna karşı eylemleri çok başarılıydı, 2000'li yılların ortalarından itibaren Afganistan'dan gelen raporlar, bu savaş ağasının artan etkisinin olduğunu gösteren "Hakkani Ağı" ndan bahsetmeye başladı. 2006'dan beri, Haqqani ile birlikte oğlu Sirajuddin (Siraj) ağdan sorumlu. 2007'den beri, babasının kötüleşen sağlığıyla bağlantılı olarak grubu yöneten Siraj'dı. Taliban ile yakından bağlantılı olan Hakkani terörist grubu yine de bağımsız hareket etti ve asla kimseye boyun eğmedi.
Yakında, "Haqqani Ağı" nın liderliği, kurucusunun ailesinin birkaç üyesini ve bir dizi saha komutanını içeriyordu, grup Afganistan'ın birkaç vilayetini kontrol etti. 2008'den bu yana grup, terörist saldırılar gerçekleştirmek için intihar bombacılarını kullanmaya başladı, ABD makamları bunu Afganistan'daki Amerikan birliklerine en büyük tehdit olarak görmeye başladı. İstihbarat servislerine göre, 2010 yılında ağın üye sayısı 4 ila 15 bin kişi arasında değişiyordu. Grubun kapalı yapısı nedeniyle militan sayısını daha doğru bir şekilde tahmin etmek zordu.
2008'den beri grubun kurucusu Siraj Haqqani'nin oğlu ABD tarafından teröristler listesine dahil edildi; 2009'dan beri onun hakkında bilgi verene 5 milyon dolar ödül açıklandı. Sonraki yıllarda Nasiruddin Hakkani, Halil el-Rahman Hakkani ve Bedruddin Hakkani terör listesine eklendi.
Uzun bir süre boyunca, ABD makamları, hala böyle etkili bir hareketin liderleriyle anlaşmaya varmayı umdukları için, "Hakkani Ağı"nı terörist grupların sayısına resmi olarak dahil etmeye cesaret edemediler. Ülkenin istihbarat servisleri, şebekenin temsilcileriyle bile görüşmeler yaptı, ancak herhangi bir anlaşmaya varamadılar.
Durum nihayet Eylül 2011'de Hakkani Ağı'ndan teröristlerin NATO kuvvetleri karargahına ve Kabil'deki ABD büyükelçiliğine saldırmasıyla netleşti. 16 kişi saldırının kurbanı oldu. Teröristlerle anlaşmanın mümkün olmayacağı anlaşıldı ve Eylül 2012'de ABD'nin Hakkani Şebekesi'ni terör örgütleri listesine aldığı açıklandı.